《蜀山降魔传2》讲述了叛离峨眉的云居雁夜袭峨眉大开杀戒，并抢夺了上古灵珠。昆仑得知峨眉惨况后，昆仑长老断言云居雁想集齐四颗灵石一统三界。掌门萧何只有找到昆仑师叔祖逍遥子，并先于云居雁得到魔龙窟守护的灵珠才能阻止其脚步。而逍遥子在面对萧何等人的请求时，对众人百般刁难，最终答应在收取不菲报酬后，踏上前往魔龙窟的凶途。

段如风浪迹江湖，在江陵城外救了新任知府，知府感念段的救命之恩，将他留在衙门里做了府兵统领。段如风自觉有责任保一方安宁。江陵城里怨声四起，丢了孩子母亲跪在府衙门前求助，段如风想起自己的母亲…为了这些善良的老百姓，段如风毅然决然积极筹划攻破暗月幽林，可是江陵城三大门派之一的暗月幽林岂是他一人能够抗衡。段如风利用身份招兵买马，可收效甚微；他看尽世态炎凉，一人一刀一马，悍然出发，仅凭四成的把握，加上暗月幽林的轻敌，突袭成功。而此刻他自己也身负重伤，却因祸得福，在紧要关头突破瓶颈，修为上升；老马为其战死，血肉重塑了青风；段如风留得半条命救了所有的孩子，他消失在世间，入密穴闭关，疗伤、修炼。

近日来，江湖上一些门派的元老莫名被杀，江湖上人心惶惶。公孙洵接连收到高手挑战，一次偶遇到和死去的师父鸿长得一摸一样的玥儿，鸿虽然是公孙洵的师父，也是他的爱人，洵却因为世俗观念不敢和师父成亲，鸿含泪自杀使得洵遗憾终生，当命运重新再给洵一次机会时，洵内心矛盾复杂。在解惑中跟随玥儿背后隐藏的惊天阴谋…

烽烟四起，烟沙弥漫，仙魔两族相对而立，杀意冲天。 两族对战，死伤无数，圣母梵天以己身为祭，封印魔族，终止了一切。仙族虽胜却几近覆灭，昆仑掌门玉清子也为救小弟子而死，惨胜之后，三界恢复平静，两门以休养生息。而那个被救的小弟子萧何，却在五百年后，众人意料之内地不学无术又在众人意料之外地有了成长。 五百年，修仙无岁月，三界平静多年，只偶尔有小妖出没，萧何带着几个徒弟过着有事收收妖，没事和峨眉女弟子原幼清谈谈地下恋情的闲散生活。直至一日，已经身死的玉清子出现在萧何面前时，阴谋拉开，并且一切都偏离了原本，变得危险且无法控制……@