《蜀山降魔传2》讲述了叛离峨眉的云居雁夜袭峨眉大开杀戒，并抢夺了上古灵珠。昆仑得知峨眉惨况后，昆仑长老断言云居雁想集齐四颗灵石一统三界。掌门萧何只有找到昆仑师叔祖逍遥子，并先于云居雁得到魔龙窟守护的灵珠才能阻止其脚步。而逍遥子在面对萧何等人的请求时，对众人百般刁难，最终答应在收取不菲报酬后，踏上前往魔龙窟的凶途。
段如风浪迹江湖，在江陵城外救了新任知府，知府感念段的救命之恩，将他留在衙门里做了府兵统领。段如风自觉有责任保一方安宁。江陵城里怨声四起，丢了孩子母亲跪在府衙门前求助，段如风想起自己的母亲…为了这些善良的老百姓，段如风毅然决然积极筹划攻破暗月幽林，可是江陵城三大门派之一的暗月幽林岂是他一人能够抗衡。段如风利用身份招兵买马，可收效甚微；他看尽世态炎凉，一人一刀一马，悍然出发，仅凭四成的把握，加上暗月幽林的轻敌，突袭成功。而此刻他自己也身负重伤，却因祸得福，在紧要关头突破瓶颈，修为上升；老马为其战死，血肉重塑了青风；段如风留得半条命救了所有的孩子，他消失在世间，入密穴闭关，疗伤、修炼。
近日来，江湖上一些门派的元老莫名被杀，江湖上人心惶惶。公孙洵接连收到高手挑战，一次偶遇到和死去的师父鸿长得一摸一样的玥儿，鸿虽然是公孙洵的师父，也是他的爱人，洵却因为世俗观念不敢和师父成亲，鸿含泪自杀使得洵遗憾终生，当命运重新再给洵一次机会时，洵内心矛盾复杂。在解惑中跟随玥儿背后隐藏的惊天阴谋…
